故事发生在现代世界，玩家扮演一名在校学生。某天，校医突然请求你协助调查一桩谋杀案——就此，隐藏在校园中的黑暗序幕缓缓拉开。

草薙夜露屋出身于一个古老的家族。为了追查突破结界的灵异现象，以及调查夜间学校的“七大不可思议事件”，他转学来到一所新学校。

就在主角向未婚妻求婚之后，一位神秘少女出现在他面前。她是来自未来的时间旅行志愿者，但在穿越过程中，时光机受损，通往未来的道路也被切断。 女孩无法回到原本的时代，而主角的生活因此被彻底打乱。他究竟会顺利与未婚妻步入婚姻，还是会被这位来自未来的少女所吸引？

周边

桃、梨香和希是关系要好的朋友，她们都对同一个男生——刚志抱有好感。然而，刚志遭遇了一场交通事故，随着时间推移，三人的注意力逐渐转向了主角。 主角其实是桃的亲哥哥。虽然桃明白自己的感情无法实现，但她却无法接受哥哥爱上了别的女孩。

主角是一名朋克摇滚乐手，曾与女友真由美一起组过乐队，但因为实力平平，最终乐队解散。 某天他意外发现，自己在高潮时能引发短暂的时间扭曲——也就是微型时空跳跃。 这一异能引来了“次元调查官”的注意。然而调查官的次元穿梭装置在地球发生故障，使她被困于此。随着事件的发展，越来越多来自其他次元的少女与敌人接连现身，主角的生活也随之彻底失控。

800年前，大陆的守护者——慈悲的「炎之皇女」忽然发狂失控。四位少女挺身而出，借助四颗「红之秘石」将她封印于「炎之宝珠」之中。 数百年后，曾统治大陆的「马族」逐渐堕落腐败，在一场叛乱中失势，被逐出中原，沦为凶恶的山贼部族。临行前，他们带走了「炎之宝珠」，如今正四处寻找那四颗「红之秘石」。 武艺高强的青年飞，刚完成了原本需十年才能完成的三月特训。某日他路遇一位少女正遭马族袭击，果断出手相救。少女为答谢他的援助，邀请他前往修补破损的衣物。 飞随她前往，才得知这几位少女正是「红之秘石」的守护者，而马族正是为了秘石而来。得知这一切后，作为武学高手的飞，被请求协助三位少女保卫秘石，对抗马族的威胁。