故事发生在1999年的东京。一位科学家为了实现自己的野心，在实验室地下室进行着神秘的仪式。

你扮演的主角雅人，是一名普通高中生，但擅长武术和剑道。在全国剑道大赛中，你击败了自己最好的朋友右京（他正好也是那位科学家的儿子），取得了冠军。之后，你向一直喜欢的可爱女孩沙耶香表白，对方也同样喜欢你，于是你们很快成为情侣。这一切发生在1999年6月1日。接下来的两周，一切都很平静美好，直到一连串奇怪的事情和可疑人物开始在你们身边出现。为了避开这些麻烦，你们两人选择躲回自己的房间，却没想到在黑暗中浮现出一个熟悉的身影……而这，仅仅是悲剧与噩梦的序章。